ตึกฟักทอง เป็นหนึ่งในกลุ่มอาคารของคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ (เดิมคือ ศูนย์อรรถกระวีสุนทร หรือ ศูนย์ศึกษาหาดใหญ่) ถือเป็นอาคารรุ่นแรกๆ ที่ก่อสร้างในยุคก่อตั้งมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยมีคุณอมร ศรีวงศ์ เป็นสถาปนิกที่ได้รับความไว้วางใจจาก ศาสตราจารย์ ดร.สตางค์ มงคลสุข (รองอธิการบดี) ให้เป็นผู้ออกแบบอาคารต่างๆ ในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยอาคารดังกล่าวก่อสร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ.2511 ซึ่งในระยะแรกเริ่มอาคารเรียนยังมีน้อย นักศึกษาทุกคณะจึงต้องมาเรียนวิชาบรรยายในอาคารดังกล่าว และยังเป็นห้องที่ใช้จัดประชุมอาจารย์และข้าราชการทั้งวิทยาเขต รวมทั้งใช้ในการจัดกิจกรรมเอนกประสงค์ต่างๆ